Die Handlung des Jahres 2377

Die Führungsoffiziere stehen den Asgard im Kampf gegen die Goa'ould bei. Schließlich kehrt die Antriebssektion zur Erde zurück und die Katana wird wieder zusammengefügt. Das Schiff verläßt das Stargate-Universum.
Die Katana wurde zurück nach Hause beordert. Sie sollte bei der Einführung des neuen Senats von Romulus die romulanischen Sicherheitskräfte unterstützen. Schnell steht fest: Jemand will die Senatseinführung verhindern, denn Jade Thunders, die Führerin der Elite-Force Einheit findet eine Bombe im Senatsgebäude.
Nach und nach fallen mehr und mehr Besatzungsmitglieder Halluzinationen zum Opfer. Die Lage wird kritisch, als sowohl Jade Thunders als auch Lieutenant Commander Summers, der zweite Offizier der Katana Dienstunfähig sind. Untersuchungen ergeben: Es handelt sich um das Chova, eine telepathische Waffe, die zu Halluzinationen führt.
Als unerwartet ein Warbird der Valdor-Klasse mit aktivierten Waffen auftaucht und auf die Rufe der Katana nicht reagiert, läßt Captain Arven zweimal auf ihn feuern. Commander Needa läßt sie auf die Krankenstation bringen. Der Captain hat das Chova.
Die Schuldigen für die Verbreitung des Chova, eine romulanische Separatisten-Gruppe werden gefunden und die Senatseinführung kann ungestört fortgeführt werden. Weil bei dem Angriff auf den Warbird jedoch viele Unschuldige starben, gibt Captain Arven das Kommando über die Katana ab. Commander Needa wird zum neuen Captain ernannt und Lieutenant Commanders Summers wird zum ersten Offizier befördert. Die Katana erhält einen neuen Sicherheitschef, Lieutenant Commander McCrae. Jade Thunders verläßt ebenfalls die Katana um wieder für den Geheimdienst der Sternenflotte zu arbeiten.
Die Katana wird zu Raumstation 323 geschickt, wo sie einen neue Kommunikationsphallanx erhält, mit der es möglich sein wird, vom Babylon 5 Universum aus mit Starfleet Kontakt aufzunehmen. Kurz bevor die Katana wieder in dieses Universum zurückkehren kann um die Phallanx zu testen reißt das Schiff sich von der Raumstation los und setzt Kurs mit Maximum-Warp auf die bajoranische Sonne. Das Schiff ist trotz aller Versuche nicht unter Kontrolle zu bringen. Ein Virus wurde in die Systeme eingeschleust, der sich nicht entfernen läßt. Dr. Lazarus gelingt es, die noch nicht betroffenen Systeme zu isolieren. Leider helfen diese Systeme nicht dabei, das Schiff wieder unter Kontrolle zu bringen.
Die Führungsoffiziere ersinnen einen Weg, das Schiff anzuhalten. Wenn fünf Raumschiffe es gleichzeitig mit dem Traktorstrahl erfassen würden, dann wäre es möglich, die Katana zu verlangsamen und schließlich anzuhalten. Da die Kommunikationssysteme vom Virus befallen sind, wird ein Torpedo modifiziert, der den Plan der Katana-Führungsoffiziere an die Sternenflotte übermitteln soll. Für alle Fälle wird beschlossen, die Antriebssektion bis auf die Führungsoffiziere zu evakuieren und das Schiff zu trennen. Da die Diskußsektion nicht über Warpantrieb verfügt, ist die Crew darauf in Sicherheit. Counselor MacGregor wird das Kommando dort übertragen. Die Separation gelingt und die während die Antriebssektion zurückbleibt, rast die Antriebssektion weiter auf die Sonne von Bajor zu.
Auf der Antriebssektion versuchen derweil die verbliebenen Führungsoffiziere das Schiff doch noch unter Kontrolle zu bekommen. Dabei kommt es zu Reibereien zwischen der Chefingenieurin und dem neuen Sicherheitschef. Yadeel und Summers verlassen die Brücke, um im Maschinenraum einen letzten Versuch zu unternehmen, das Schiff unter Kontrolle zu bringen. Als auch das Turboliftsystem und die interne Kommunikation ausfallen, gibt Captain Needa Befehl die Fluchtkapseln aufzusuchen.
Kurz nachdem die letzten das Schiff verlassen haben, gelingt es fünf Sternenflottenschiffen die Katana zu stoppen. Sie wird nach DS9 gezogen um dort wieder flott gemacht zu werden. McCrae wird mit der Untersuchung des Vorfalls beauftragt. Er ist jedoch nicht in der Lage herauszufinden, was mit dem Schiff geschah.
Einige Wochen später befindet sich die Katana wieder im Erdorbit, um den neuen Leiter des Elite-Force-Teams, Tannier, an Bord zu nehmen. Zudem soll in der selben Zeit die Hochzeit der Chefingenieurin stattfinden, die seit ihrer Kindheit verlobt ist. Nun soll sie endlich heiraten. Die bevorstehende Heirat macht Yadeel und Summers klar, daß sie mehr füreinander sind als bloße Kollegen. Schließlich wird die Hochzeit abgesagt und die Katana macht sich wieder auf um nun endlich die neue Kommunikationsphallanx zu testen.
Der Sicherheitschef, Falyn McCrae untersucht den Virenbefall der Katana weiter. Er kann ermitteln, daß das eigentliche Ziel wahrscheinlich nicht die Zerstörung des Schiffes war, sondern es vielmehr darum ging, die Sonne Bajors zu verschieben, was zu einer Zerstörung von Deep Space Nine und Bajors geführt hätte. Zudem glaubt er, daß ein fremder Geheimdienst für den Vorfall verantwortlich ist.
Auf T'Lani III findet indes ein Anschlag auf das Regierungsgebäude statt. Die Katana wird dorthin entsandt um den Vorfall zu untersuchen. Die Katana erhält dort einen neuen Ops-Offizier, Yamin Aurel, einen Trill-Betazoid-Hybriden. Eine Untersuchung des Anschlages ergibt, daß Balatit verwendet wurde. Captain Needa genehmigt eine Mission nach Rura Penthe, woher das Balatit wahrscheinlich stammt. Sicherheitschef McCrae fliegt gemeinsam mit Lieutenant Lincoln nach Rura Penthe in einem Shuttle ab, die Katana verbleibt im Orbit von T'Lani III, da die Sternenflotte dort Präsenz zeigen will. Tannier bereitet sein Team daher auf einen Einsatz auf dem Planeten vor.
Während das Elite-Force-Team auf Anraten der Regierung T'Lanis auf den Planeten versetzt wird um die Terroristen zu stellen untersucht Lieutenant Yadeel ein erneutes Eindringen in den Computerkern der Katana. Einzig, daß die die terroristische Organisation "freies T'Lani" damit zu tun hat, scheint sicher zu sein. Es erfolgt ein weiterer Angriff auf die Datenbanken bei dem der Angreifer Zugriff auf das Kommandoauthorisationsverfahren erlangt. Es stellt sich heraus, daß nur noch ein einziger Verteilerknotenpunkt Zugriff auf den Computerkern hat. Needa und Summers machen sich auf den Weg dorthin, um dort den Eindringling, der dort vermutet wird zu stellen.
Auf dem Planeten laufen die Elite-Force-Teams in einen Hinterhalt, den niemand überlebt. Summers und Needa erreichen gleichzeitig mit einem Sicherheitsteam den noch funktionstüchtigen Verteilerknoten. Es stellt sich heraus, daß der Eindringling die Selbstzerstörung eingeleitet hat, die nur Needa und Summers gemeinsam wieder abstellen können. Der Versuch den Eindringling zu vertreiben mißling, Needa, Summers und die vier Sicherheitsoffiziere verlieren ihr Leben dabei.
McCrae und Lincoln haben derweil Rura Penthe erreicht und beginnen ihre Untersuchung. Sie treffen auf Widerstand, können schließlich jedoch feststellen, daß das Balatit von Thollianern gekauft wurde und daß die Menge, die gekauft wurde, nicht komplett für den Anschlag verwendet wurde.
"Freies T'Lani" setzt eine experiementelle Waffe gegen die Katana ein. Dabei wird versehentlich der Raum gefaltet und die Katana verdoppelt. Die zweite Katana-Crew wird auf den Planeten versetzt, mit dem Ziel sich selber zu vernichten, weil sie sich für T'Lani hält. Erneut wird das Elite-Force-Team angegriffen, diesmal gelingt es jedoch, es unversehrt an Bord zu beamen. Ariell wird beauftragt auf die Katana zu beamen und das Schiff zu zerstören.
McCrae und Lincoln kehren in den Orbit von T'Lani III zurück und müssen feststellen, daß die Katana zerstört wurde und das Team auf der Oberfläche ebenfalls getötet wurde. "Freies T'Lani" hat sich zu dem Anschlag bekannt.
Schließlich kollabiert die Raumfalte und die beiden entstandenen Realitäten schieben sich wieder übereinander. Die Ariell, die das Schiff zerstören will, zerstört es nicht und das Schiff bleibt erhalten.
Auf dem Planeten verhaften McCrae und Lincoln gemeinsam mit einer Einsatzgruppe von T’Lani III die Terroristen.
Die nächste Mission führt die Katana in das Xhafa-System, wo die Sonne in Kürze zur Nova wird. Die Katana soll bei der Evakuierung behilflich sein. Besonderes Augenmerk ist dabei auf die Übernahme von Schwerverbrechern aus dem Gefängnis zu legen. Die Gang des Chefs eines Syndikats beschließt, die Verlegung auf die Katana zu nutzen, um ihn zu befreien.
Es wird eine Bombe an Bord der Katana geschafft. Als diese detoniert, fällt die Energieversorgung aus und die Gefangenen können entfliehen. Es gelingt jedoch, sie wieder dingfest zu machen und schließlich wird das sterbende System mit so vielen Xhafanern an Bord wie möglich wieder verlassen. Counselor McGregor wird von der Katana wegversetzt und durch Zhabia Velain, eine Delvianerin ersetzt.
Die Katana kehrt für notwendige Reparaturen zur Erde zurück und nimmt bei der Gelegenheit die Familie von Dalen Lazarus an Bord. Da es kurz vor Weihnachten ist, gewährt Needa ihrer Crew Landurlaub zuhause. Sie selber erhält derweil die neuen Befehle für die Katana – zu Beginn des neuen Jahres soll das Schiff in das Farscape-Universum, aus dem die neue Counselor stammt vordringen und eine Allianz zwischen der Föderation und den Delvianern herbeiführen.