Die Handlung des Jahres 2380

Die Symbiose zwischen Ariell Needa und dem Geodis-Symbionten verläuft schwierig, jedoch zunächst erfolgreich.
Die Katana reist nach Trill, damit Ariell dort von den Spezialisten der Symbiose-Komission untersucht werden kann. Die Vereinigung scheint problemlos verlaufen zu sein. Ariell entscheidet sich auf Anraten des behandelnden Arztes dort das Zhian'tara-Ritual durchzuführen, bei dem die früheren Persönlichkeiten der Wirte zeitweilig auf Freunde übertragen werden. So wird es dem neuen Wirt erlaubt, sich besser mit den anderen Persönlichkeiten auseinanderzusetzen.
Derweil kehrt die Iclesia, ein Schiff der Allianz nach Babylon 5 zurück. Es wurde offensichtlich von roboterartigen Wesen geentert, die Crew wurde getötet, das Schiff schwer beschädigt. Babylon 5 kontaktiert die Katana, mit der Bitte um Unterstützung, da sich unter den Toten auch ein Sternenflottenoffizier befindet.
Während des Zhian'tara-Rituals kommt es zu einem Zwischenfall, bei dem Ariell Geodis stirbt. Der Symbiont verbleibt auf Trill, in der Hoffnung, daß er gesund gepflegt werden kann.
Dalen Lazarus untersucht das cardassianische Wurmloch und findet heraus, daß es von einer unbekannten Spezies als Passage benutzt wird.
Die Katana bricht ins Babylon5-Universum auf. Tannier fungiert als Captain und Toreen Akida als Erster Offizier, da ein Nachfolger für Ariell Geodis als Captain noch nicht bestimmt wurde. Dort angekommen informiert Tannier Delenn über die Minbari-Seele, die er im Farscape-Universum fand.
Eine Auswertung des Flugschreibers des beschädigten Schiffes förderte dessen letzten Aufenthaltsort, den Planeten Bulgur III, zu Tage. Einen Planeten am Rande des bekanntes Territoriums, der Schmugglern als Unterschlupf dient. Die Katana bricht gemeinsam mit einer Whitestar auf, um den Vorfall dort weiter zu untersuchen.
Die Katana und die Whitestar kommen bei Bulgur III an. Es werden zwei Außenteams auf den Planeten entsandt, Lew Sulik soll mit seinen Spitfires einen nahegelegenen Asteroidengürtel untersuchen, an dem die Iclesia kurz vor dem Sprung in den Hyperraum vorbei kam.
Die Untersuchung des Asteriodengürtels verläuft ereignislos. Tannier stellt fest, daß der Hyperraumsprung des angegriffenen Schiffes in der Nähe des cardassianischen Wurmlochs stattfand. Die Spitfires erhalten den Befehl, dort ihre Untersuchungen fortzusetzen. Eine der einst von den Cardassianern in das Wurmloch geschickte Sonde kann geborgen werden. Durch das Wurmloch kommen feindliche Jäger, die die Spitfires unter Beschuß nehmen. Die einzelnen Jäger stellen zwar keine Bedrohung für die Spitfires da, aber auf Grund ihrer Anzahl ist der Rückzug nach Bulgur III erforderlich.
Zwei der Spitfires explodieren, ohne daß es zu Treffern gekommen wäre. Die Whitestar und die Katana schieben sich zwischen die Attack-Fighter und die Angreifer, um diesen einen geschützten Einflug in den Hangar ermöglichen zu können. Es stellt sich heraus, daß die Projektilwaffen der Fremden Naniten enthalten, die die Systeme der angegriffenen Schiffe beschädigen und so letzten Endes zur Zerstörung führen. Auf dem Planeten erfährt Lincoln, daß hier sogenannte „Rotaugen“ an Bord der Iclesia gingen. Für Reparaturen kehrt die Katana nach Babylon 5 zurück. Dalen Lazarus und Seeta Yadeel entwickeln unterdessen einen Retro-Virus zur Beseitigung der Naniten.
Admiral Gabrielle erreicht, daß ein Sternenflottencaptain, Natall Karenin, als neuer Wirt für den Geodis-Symbionten bestimmt wird. Auf diese Art und Weise will er die Erinnerungen von Ariell Needa retten, die er für die Katana benötigt. Natall Geodis übernimmt das Kommando über die Katana.
Captain Ariell Needa sowie die beiden verstorbenen Mitglieder des Spitfire-Squadrons werden im Epsilon-System bestattet.
Das erstellte Retro-Virus bekämpft die Naniten, welche die Spitfires und den Hangar befallen haben, erfolgreich, allerdings werden durch einen Holoemitter weitere modfizierte Naniten in der Krankenstation und im übrigen Schiff freigesetzt.
Tannier verläßt die Katana, um sein Volk zu unterstützen. Sein Nachfolger als Erster Offizier wird Toreen Akida.
Die Katana kehrt nach DS9 zurück, um sich einer Flotte von 10 Sternenflottenschiffen anzuschließen, die in das Babylon-5-Universum zurückkehren und die Hintergründe der Angriffe aufklären sollen.
Es stellt sich heraus, dass das cardassianische Wurmloch mindestens drei Ausgänge besitzt und höchstwahrscheinlich künstlichen Ursprungs ist.
An Bord der Katana bereitet sich die Crew auf das bevorstehende Gefecht mit den fremden Angreifern vor.
Der Kampfverband der Föderation erreicht das Bulgur-System. Dort trifft er auf Kryoten, insektenartige Lebensformen, die in Asteroidenschiffen reisen und die Antriebsenergie fremder Schiffe für ihre Zwecke nutzen. Bei einem Angriff der Kryoten steht die Flotte auf verlorenem Posten und zieht sich durch das Wurmloch in den cardassianischen Raum zurück, wobei allerdings fünf der Schiffe verschwinden. Die übrigen Einheiten sehen sich mit einer Flotte der ursprünglichen Angreifer konfrontiert.
Lew Sulik und Ian Paice entern eines der Mutterschiffe der Zylonen. Das Gefecht verläuft schlecht für den Kampfverband. Captain Geodis lässt die Zivilisten an Bord der Schiffe nach Cardassia evakuieren. Die Hanoi wird zerstört und die Katana schwer beschädigt und von feindlichen Truppen geentert. Seeta Yadeel wird während des Gefechts schwer am Rücken verletzt. Lew und Ian gelingt es, das Mutterschiff zu zerstören, indem sie zwei der Jäger im Hangar mit überladenen Phasern in die Luft sprengen und so eine Kettenreaktion in Gang setzen.
Zhabia Velain und der Erste Offizier der Thunderbird, Elliot, versuchen, die Cardassianer als Alliierte im Kampf gegen die Maschinenwesen zu gewinnen. Dort werden die Zivilisten der Sternenflottenschiffe beiläufig von einer Agentin des Obsidianischen Ordens befragt. Der Geheimdienst scheint aber bereits Informationen über die Geschehnisse zu besitzen. Es stellt sich heraus, dass die Vierte Flotte der Föderation offenbar von den Fremden zerstört worden ist. Cardassia will nicht gegen einen solch mächtigen Feind kämpfen.
Captain Geodis und Frank Lincoln versuchen, den nach einem Kühlmittelleck evakuierten Maschinenraum der Katana wieder unter Kontrolle zu bringen. Geodis wird wie andere weibliche Besatzungsmitglieder von den Robotern in den Shuttlehangar verschleppt und dort gefangen gesetzt. Die Zylonen wollen sie für ihr Zuchtprogramm einsetzen.
Der Rest des Sternenflottenverbandes taucht auf und greift in das Kampfgeschehen ein. Diese Schiffe hatten durch einen Zufall das Wurmloch im Galactica-Universum verlassen und waren dort auf die Pegasus und die Galactica gestoßen. Jene Besatzungen besaßen bereits Erfahrungen im Kampf gegen die Zylonen und erklärten sich bereit, taktische Informationen mit den Sternenflottenschiffen zu teilen.
Mit den neuen Firewalls, welche nun die Sternenflottenschiffe schützen, wendet sich das Blatt in der Schlacht gegen die Zylonen. Die Schiffe konzentrieren nach der Zerstörung des einen Mutterschiffes ihr Feuer auf den Hangar des zweiten Basissterns. Es gelingt, auch dieses Schiff zu zerstören.
Nach der gewonnenen Schlacht kehrt der Kampfverband begleitet von der Pegasus nach DS9 zurück. Auch die Zivilisten kehren von Cardassia zurück. Die Informationen von Lee Adama, der die Pegasus kommandiert, über die Zylonen werden auch an die Verbündeten im Babylon-5-Universum weitergeleitet. Es sollen Verhandlungen über eine Allianz mit den Menschen des Galactica-Universums aufgenommen werden.
Die Zylonen beschließen, ihre Jagd auf die Galactica zu verstärken.
Auf Deep Space Nine angekommen werden diplomatische Verhandlungen aufgenommen, die von Lee Adama und Kirall Medion geführt werden. Die Sternenflotte überläßt Adama Kartenmaterial, mittels dem es vielleicht möglich sein wird, die Erde vom Standpunkt der Kolonien von Kobol aus zu finden.
Captain Geodis' Sohn Eragon wird bei einer Prügelei auf Deep Space Nine verletzt. Tomm Lucas legt auf Deep Space Nine das schriftliche Examen der Sterneflottenakademie ab.
Alexandra Black kehrt aus dem Stargate-Universum zurück und wird neuer Elite-Force-Commander der Katana.
Die Föderation beschließt den Bau eines Außenpostens auf Gemini IV, nahe dem cardassianischen Wurmloch, Frank Lincoln soll dann dort als taktischer Offizier dienen. Die Cardassianer gewähren der Flotte einen Durchflugkorridor zum cardassianischen Wurmloch.
Für Seeta Yadeel beginnt derweil die Reha. Bei einem kurzen Besuch auf dem Maschinendeck gelingt es ihr, einen Ansatz zu finden, wieso der Zylone von dem Phasenumwandler zerstört wurde.
Der Flottenverband kehrt mit der Pegasus ins Galactica-Universum zurück, um die Verhandlungen mit Admiral Adama zu beginnen. Seeta Yadeel beginnt eine Affäre zu Winnie Maddigan.
Die Verhandlungen zwischen Föderation und den Kolonien von Kobol beginnen, verlaufen aber mehr als nur zäh.
Die Zylonen greifen mit Jägern an. Doch dieser erste Angriff ist nur der Vorgeschmack, eine Armada von 8 Basisternen und 900 Zylonenjägern trifft ein.
Daraufhin wird der Rückzug von Kolonial- und Föderationsschiffen eingeleitet.
In der folgenden Schlacht wird Captain Geodis schwer am Kopf verwundet. Auf der Krankenstation muss Doktor Maddigan Seeta Yadeel, die trotz ihres noch immer verletzten Rückens unbedingt in den Maschinenraum will, sedieren. Während der Schlacht verzögert Lew Sulik die angeordnete Rückkehr der Attack Fighter zur Katana.
Maggie Kincaid überredet Frank Lincoln, auf der Krankenstation Seeta um Rat bezüglich der notwendigen Reparaturen zu fragen. Dort erzählt Frank der Chefingenieurin, dass er eine Beziehung mit Ariell Needa hatte.
Durch einen Vergleich von Sternenkarten aus dem Heimatuniversum der Katana mit denen aus dem Galactica-Universum gelingt es, die Erde im Galactica-Universum zu lokalisieren.
Lew Sulik wird aufgrund seiner Weigerung, dem Rückzugsbefehl nachzukommen, das Kommando über das Wing entzogen.
Natall Geodis und Frank Lincoln sprechen sich gegenseitig aus. Kurz darauf beginnt Frank eine Beziehung zu Maggie Kincaid.
Der Schiffsverband erreicht die Erde im Galactica-Universum. Dort werden verdeckte Ermittlungen durchgeführt, bei denen festgestellt wird, dass der Entwicklungsstand der Erde zu niedrig ist, um sich gegen die Zylonen zur Wehr zu setzen. Medion bietet den Flüchtlingen um Adama Zuflucht im Föderationsraum an. Adama will dem nicht nachkommen, weil er zunächst die Menschen auf New Caprica befreien muss, aber später vielleicht darauf zurückkommen. Den Entwicklungsstand der Erde hält er geheim, um nicht die Moral seiner Leute zu zerstören.
Die Föderationsschiffe kehren in ihr eigenes Universum zurück und der Galactica gelingt es schließlich, ein Lebenszeichen der Kolonisten auf New Caprica zu erhalten.
Die Katana befindet sich auf dem Rückweg ins eigene Universum. Unterwegs wird Geodis' Augenimplantat justiert. Sie kann es jedoch vorerst nur für kurze Zeit am Tag nutzen. Außerdem macht sie Sprachübungen um die Gesichtsmuskulatur zu trainieren.
Dalen arbeitet leidenschaftlich an neuen Erkenntnissen über das cardassianische Wurmloch, von dem in Abwesenheit der Katana ein neuer Ausgang gefunden wurde, der aber noch nicht erforscht ist.
Schließlich kehrt die Katana nach DS9 zurück, wo die letzten Reparaturen an dem Schiff noch vorgenommen werden sollen.
Frank Lincoln verlässt die USS Katana um seinen Posten auf der Station Gemini anzutreten, die sich immer noch in Bau befindet.
Nach dem Aufenthalt bei Deep Space Nine erhält die USS Katana die Aufgabe Admiral Jefferson, der sich auf einer Inspektionsreise befindet, zu Raumbasis 345 zu transportieren. Beim Empfang des Admirals im Schleusenraum leistet sich Lew Sulik einen Eklat gegenüber dem Admiral und wird später dafür von Captain Geodis gerügt und zu Counselor Velain geschickt. Dadurch soll sich Lew Sulik endlich mit den Sternenflottenprotokollen vertraut machen und sich in Beherrschung üben.
Nach dem Dominionkrieg setzten sich auf Magrathea, einer Föderationswelt, Terroristen für den Austritt des Planeten aus der Föderation ein. Im Laufe der Jahre häuften sich die Gesetze zur Einschränkung der Privatsphäre seiner Bewohner. Atrin Lazarus, Sohn des Wissenschaftsoffiziers Dalen Lazarus und seiner Frau Adana, befindet sich auf Magrathea, um Raumfahrttechnik zu studieren. Er wird unschuldig verhaftet. Lieutenant Commander Manoel Ramirez tritt seinen Posten als Sicherheitschef auf der USS Katana an. Er wird von Alpträumen über den Tod seiner Kollegin Elaine Willowby geplagt, versucht diese jedoch weitestgehend zu ignorieren. Aufgrund der Empfehlung des Stationscounselors wird er zu Sitzungen mit Counselor Velain verdonnert.